Od početka aprila do kraja ljeta 1992. godine Foča nije bila samo etnički očišćena nego i poharana. Svaki trag prisutnosti Bošnjaka temeljito je izbrisan, sve do posljednje džamije. Taj proces bio je temeljit, sistematski i organiziran
Kada je suđenje Gojku Jankoviću iz Haškog tribunala prepušteno Sudu BiH, potvrđena je optužnica u devet tačaka za komandnu i direktnu odgovornost za zločine protiv čovječnosti. “Zbog priča o Foči i zbivanja u toku 1992. godine, samo ime Foča postalo je sinonim za ratna silovanja”, rekao je tada tužilac Philip Alcock, a premio BIRN u uvodnoj riječi na početku suđenja Jankoviću, bivšem vođi paravojne grupe u Foči. Kada je optužen, šest od devet tačaka optužnice bile su za silovanja žena u Foči 1992. godine. Jedan od zločina za koji je bio optužen bio je višemjesečno držanje i opetovano silovanje četiriju djevojaka, od kojih je najstarija imala 25 godina, dok su ostale imale 16, 14 i 12 godina.
Janković je između aprila 1992. godine i februara 1993. godine, kao vođa paravojne grupe koja je djelovala u koordinaciji s Fočanskom brigadom Vojske Republike Srpske, “učestvovao u širokom i sistematičnom napadu na nesrpsko stanovništvo na području općine Foča, te njihovom zarobljavanju, ubijanju i seksualnom zlostavljanju”.
“Grupe poput njegove bile su značajne jer su znale teren i bile su dobre za pronalaženje i protjerivanje Bošnjaka”, rekao je tužitelj Alcock, nastavljajući: “Od početka aprila do kraja ljeta 1992. godine Foča nije bila samo etnički očišćena nego i poharana. Svaki trag prisutnosti Bošnjaka temeljito je izbrisan, sve do posljednje džamije. Taj proces je bio temeljit, sistematski i organiziran.” Alcock je dodao i da je silovanje pratilo sva dešavanja u Foči na početku rata, te da je to bila strategija zastrašivanja, “a za neke potvrda etničke nadmoći. Ali neki su se isticali čineći taj zločin. Prema raspoloživim dokazima, jedan od takvih bio je Gojko Janković”.
Tužilac je konstatirao i da je Jankovićevo postupanje prema silovanim ženama zauvijek promijenilo njihove živote. “Neke su bile tako mlade da su mu mogle biti kćerke. One su povrijeđene do srži i vječno moraju živjeti s tom sramotom koja nije njihova. Spomenuta silovanja snažno ilustriraju da je silovanje bila otvorena politika u Foči. Silovanje je krajnje sredstvo kojim počinitelj može oskrnaviti ljudsko dostojanstvo.” Gojko Janković osuđen je na 34 godine zatvora, između ostalog, zbog silovanja i držanja u seksualnom ropstvu jedne djevojčice u Foči tokom rata.
Janković nije bio jedini pripadnik Vojske Republike Srpske koji je osuđen na zatvorsku kaznu zbog silovanja u Foči. Milomir Davidović osuđen je na sedam godina jer je u julu 1992. godine, nakon što je Dragan Zelenović izveo S-1 i S-4 iz fočanskog Srednjoškolskog centra, gdje su bile zatočene, i odveo ih u stan u zgradi “Lepa Brena”, prisilio S-1 na seksualni odnos, nakon čega su je silovali i drugi vojnici. Zelenović je pred Haškim tribunalom pravomoćno osuđen na 15 godina zatvora zbog zločina počinjenih 1992. u Foči.
Dragan Janjić je osuđen jer je u augustu 1992. udarao, a potom silovao B-1 u prostorijama Policijske stanice Miljevina. Sud BiH osudio je Krstu Dostića na deset godina zatvora jer je, kao pripadnik Vojske Republike Srpske, nekoliko puta silovao trudnicu u fočanskom naselju Ljubovići. Žarko Vuković osuđen je na sedam godina zatvora za višestruko silovanje počinjeno na području Foče 1992. godine.
Apelaciono vijeće Suda BiH potvrdilo je desetogodišnju kaznu zatvora Milanu Todoviću, bivšem pripadniku VRS-a, zbog silovanja i držanja u seksualnom ropstvu žene bošnjačke nacionalnosti na području Foče. Milan Todović, posljednji u nizu desetina osuđenih za ratne zločine u Foči, između oktobra i decembra 1992. godine silovao je S-1, da bi je nakon toga prisilio na seksualno ropstvo tako što ju je kupio od vojnika i odveo u stan u zgradi u fočanskoj Čohodar Mahali. S-1 je tek 5. marta uspjela dokopati se slobode. U Foči je tokom agresije na Bosnu i Hercegovinu ubijeno oko tri hiljade Bošnjaka.
Kada je Drugi svjetski rat u pitanju, prva faza zločina nad fočanskim muslimanima obuhvata period od 4. decembra 1941. do 20. januara 1942. godine. Tada je izvršeno i završeno razoružavanje Bošnjaka. Obavljena je detaljna pljačka njihovih imanja. Ubijani su uglavnom muškarci. Najveća stradanja bila su u gradu Foči. Tada su četnici i partizani napadali nepostojeće “ustaše” – radilo se o samoorganiziranim seljacima bez ikakve političke platforme i ideologije, zainteresiranim samo za odbranu svojih porodica i imanja.
Apsolutno neopravdano prišiven im je epitet “ustaše” jer su četnici svakog naoružanog Bošnjaka tretirali kao pripadnika ustaške vojske i tako ga i nazivali. Takva etiketa služila je kao opravdanje za ubijanje bošnjačkih muškaraca na cijelom fočanskom prostoru. U gradu je u tom periodu ubijeno i zaklano oko 500 ljudi. Međutim, podaci nisu pouzdani, istraživača je bilo više, nudili su različite rezultate, ali je kao relativno siguran podatak prihvaćen ovaj o 500 pogubljenja. Sve žrtve klane su nožem jer su četnici štedjeli municiju.
Druga faza nastupa 19. augusta 1942. godine, kada su četnici ponovno okupirali Foču. Ova je faza trajala od dana zauzimanja grada Foče do februara 1943. godine, tj. do pogroma Bošnjaka u Čajničkom i Pljevaljskom srezu. Ovaj vremenski okvir prostorno pokriva teritoriju tadašnjeg sreza, kasnije općine Foča. Najcrnji dan jeste 19. august, kada je stradalo stanovništvo zatečeno u gradu Foči. Tačan broj ubijenih nikada nije mogao biti utvrđen.
Treća faza genocida nastaje nakon Đurišićevog pokolja i likvidacije seoske milicije u pljevaljskom kraju. U februaru 1943. godine stradala su sela u Slatini Vikoču, Čelebićima i na desnoj obali Tare. Ostrvljene i razularene bande četnika, po povratku iz divljačkog uništavanja sandžačkih muslimana, kao bjesni psi, nasrnuli su na nejač i žene na fočanskom prostoru, posebno uz granicu s Crnom Gorom.
Obim pogroma i pustošenja upečatljivo potvrđuje shema grobnica i stratišta. Bošnjački živalj likvidiran je bez milosti. Spaljivano je i živo i mrtvo ili bacano u špilje i rijeke kako bi tragovi stravičnog bezumlja četničkih “psina rata” bili prikriveni i takvima ostali. Ova faza trajala je do kraja rata. Pretpostavlja se da je od četničke ruke stradalo šest hiljada fočanskih muslimana.