Bez obzira na kontroverze i na brojne kritičke i argumentirane tekstove i knjige napisane o njegovom političkom i znanstvenom djelovanju, Muhamed Filipović ostat će upamćen kao simbol pameti, znanja, begovskog i akademskog dostojanstva, bošnjačkog nacionalnog preporoda, vraćanja nacionalnog imena, prkosa i otpora svakoj vlasti i autoritetu. Njegova smrt predstavlja i svojevrsni kraj jednog vremena