Uslijed razmjene vatre, ranjen je i Božinovski, a ostatak se pripadnika JNA predao. General Milutin Kukanjac naredio je da iz Vojne bolnice krene elitna jedinica protudiverzantskog odreda na čelu s majorom Markom Labudovićem prema Predsjedništvu BiH. Kod Predsjedništva su već bile snage odbrane grada.
Tada počinje čuvena bitka na Skenderiji, a jedno od ključnih obilježja bitke jeste to da je rahmetli Nusret Šišić Dedo protuoklopnom napravom napravljenom od vodovodnih cijevi pucao po njima i pogodio jedno od borbenih vozila. Labudović je tada teško ranjen. Dokrajčila ga je granata s Trebevića.
Milan Šuput, koji je komandirao svim specijalnim jedinicama Druge armijske oblasti, s 30-ak specijalaca i borbenim vozilima došao je do Pošte. U saradnji s radnicima Pošte koji su bili odani SDS-u, Šuputovi specijalci ušli su u Poštu i zapalili je.
U popodnevnim satima pripadnici Specijalne jedinice MUP-a RBiH Nezir Brajović Braja i njegov pomoćnik Ajnur Mehićević pogodili su iz prostora blizu zgrade Parlamenta agresorski tenk koji je došao do mosta Suade i Olge s ciljem da ide do Predsjedništva. Tenk je do kraja opsade grada ostao kod mosta.
Na tranzitu iznad Sarajeva tog dana našao se agresorski tenk koji se pokušao probiti u centar grada. Nekoliko branilaca ga je zapalilo molotovljevim koktelom. Pripadnici JNA povukli su se prema Lukavici. U noći s 2. na 3. maj grupa Dževada Topića shvatila je da su se Šuputovi specijalci (Niški specijalci) zabarikadirali u zgradi kod BKC-a. Predali su se iza podneva 3. maja.
Predsjednik Predsjedništva RBiH Alija Izetbegović 2. maja zarobljen je na aerodromu prilikom povratka iz Lisabona te odveden u kasarnu JNA u Lukavici. Domaća i svjetska javnost saznala je za hapšenje kada se predsjednik telefonom javio u Dnevnik TVSA Senadu Hadžifejzoviću.
Trećeg maja u Dobrovoljačkoj ulici obavljena je razmjena predsjednika Izetbegovića i njegovih pratilaca za Kukanjca i pripadnike JNA. Drugog i trećeg maja ubijen je veći broj građana Sarajeva, između ostalih i sedam policajaca PS Stari Grad.
