U proljeće 1942. godine njemačke vojne vlasti zbog epidemije tifusa i velikog broja smrtnih slučajeva odlučile su ukloniti izbjeglice iz Sarajeva i s Ilidže i okupiti ih na jedno mjesto. Određeno je da to bude Ali-pašin Most, na kojem je po nalogu njemačkog okupatora u aprilu 1942. godine otpočeta ubrzana izgradnja naselja od drvenih baraka. U strahu da se tifus ne proširi u gradu Sarajevu, izbjeglice od 20. maja do 2. juna prebacuju iz grada u ovaj logor. “U proljeće 1942. s izuzetno naglašenim intenzitetom vođena je akcija za odstranjivanje izbjeglica iz Sarajeva. Pri tome je formiranje logora u Alipašin Mostu trebalo da posluži kao jedna od posebnih mjera.”

Broj bošnjačkih izbjeglica u martu 1944. u gradu Sarajevu je 22.969, u logoru “Alipašin most” 4.026, a na području sarajevskog sreza, izuzimajući grad 4.254, što je ukupno 31.249 izbjeglica. U srezu Visoko nalazi se 6.992 izbjeglih Bošnjaka Rogatice, Višegrada, Goražda, Čajniča, Foče, Priboja, Vlasenice i sreza Visoko. U Brčkom i okolici ima 5.000 izbjeglica, većinom iz Hercegovine. U županjskom kotaru nalazi se približno 5.000 izbjeglica, u Orašju približno 800.

Među izbjeglicama u logoru “Alipašin most” najviše je bilo djece. Stanje u pogledu ishrane i higijenskih uvjeta bilo je veoma loše. Za zdravlje izbjeglica bio je zadužen dr. Isak Samokovlija. Početkom maja 1944. godine, od 1.000 djece iz logora, njih 305 smješteni su u porodice zbog zračnih napada. I Nijemci i organi vlasti NDH žele da se riješe izbjeglica, te 24. jula 1944. godine naređuju da se barake prenesu u Faletiće. Do toga nije došlo jer su zapadni saveznici s partizanima izvršili veliku akciju napada na željezničke i cestovne komunikacije u čitavoj Jugoslaviji kako bi saobraćaj u cijeloj zemlji potpuno paralizirali i spriječili povlačenje njemačkih trupa iz Grčke. U operaciji “Ratweek – Nedelja pacova” cilj napada u Sarajevu bila je pretovarna željeznička stanica “Alipašin most”, važno željezničko čvorište, pri čemu je 8. septembra 1944. godine stradao logor s mnogim njegovim žiteljima, najvećim dijelom izbjeglicama iz istočne Bosne. Broj ukopanih u zajedničkoj grobnici bio je približno 200, dok se za 66 navodi da su izgorjeli, kao i da je jedan broj ljudi raznesen u eksploziji.