Svega godinu nakon što je sišla s vlasti počela je velikosrpska agresija, prvo na Hrvatsku, a nedugo potom i na Bosnu i Hercegovinu. Thatcher je tačno znala razloge i krivce za raspad i rat u bivšoj Jugoslaviji i nikad se nije libila otvoreno iznositi svoje stavove o tome. Štaviše, stavila se otvoreno na stranu Hrvatske i Bosne i Hercegovine, podržavala branioce i legalnu vlast tih dviju nezavisnih država i postala jedan od najvećih zagovarača vojne intervencije u bivšoj Jugoslaviji i kažnjavanja Slobodana Miloševića i njegovih trabanata u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini