Izuzetno je sporno i Puljićevo propitivanje etničke pripadnosti Željka Komšića i dovođenje u pitanje njegovog hrvatstva. Puljić tvrdi da je imao uvid u Komšićeve dokumente u kojima stoji nešto drugačije, te ga stoga smatra “nezakonitim” Hrvatom, tj. osobom koja se lažno predstavlja kao Hrvat, što je, kako tvrdi Puljić, izuzetno česta pojava.