Iako bi sindikat morao biti nezavisan u svakom pogledu, u slučaju Saveza samostalnih sindikata BiH, ili barem njegovog užeg rukovodstva, to nije tako. Od ranije je poznato da je predsjednik Saveza Ismet Bajramović na strani jedne političke partije, a neki tvrde da je viđen i na političkim skupovima jedne stranke, a čak je i neke aktivnosti Saveza finansirala ta politička partija